ストーリーモード
| 自分 | 相手 | 対戦形式 |
| 中忍試験編 | ||
| ナルト、サスケ、サクラ | イルカ | スリーマンセル (指導あり) |
| サスケ | 左近 | 個人戦 |
| ナルト、サスケ、サクラ | キバ、シノ、ヒナタ | スリーマンセル |
| ナルト、サスケ、サクラ | いの、シカマル、チョウジ | スリーマンセル |
| ナルト、サスケ、サクラ | リー、ネジ、テンテン | スリーマンセル |
| ナルト、サスケ、サクラ | 左近、鬼童丸、次郎坊 | スリーマンセル |
| ナルト | サスケ | 個人戦 |
| 砂隠れ編 | ||
| カンクロウ | 鬼童丸 | 個人戦 |
| テマリ | 多由也 | 個人戦 |
| 我愛羅 | 次郎坊 | 個人戦 |
| 我愛羅、カンクロウ、テマリ | 鬼童丸、多由也、次郎坊 | スリーマンセル |
| 我愛羅、カンクロウ、テマリ | 大蛇丸 | スリーマンセル |
| 我愛羅、カンクロウ、テマリ | 綱手 | スリーマンセル |
| 暁編 | ||
| イタチ | 左近、鬼童丸 | マルチ対戦 |
| 鬼鮫 | 多由也、次郎坊 | マルチ対戦 |
| イタチ | イルカ | 個人戦 |
| イタチ、鬼鮫 | 自来也、イルカ | マルチ対戦 |
| イタチ、鬼鮫 | 自来也、カカシ、ガイ | スリーマンセル |
| 鬼鮫 | ガイ | 個人戦 |
| イタチ | カカシ | 個人戦 |
| サスケ奪回編 | ||
| チョウジ | 次郎坊 | 個人戦 |
| ネジ | 鬼童丸 | 個人戦 |
| 我愛羅、カンクロウ、テマリ | 君麻呂、左近、多由也 | スリーマンセル |
| 究極九尾ナルト サスケ状態２ |
※ | 個人戦 |
※ どちらか使うキャラを選択、選ばなかった方が相手になる